淮阴师范学院共有20个二级学院，具体如下：
| 学院名称 | 特色 |
|---|---|
| 教师教育学院 | 以教师教育为主要特色，培养高素质的教师人才 |
| 创新创业学院 | 培养学生的创新创业能力，推动创业项目的孵化和发展 |
| 商学院 | 涵盖经济学、市场营销、财务管理等专业，注重实践教学和产学研合作 |
| 法学院 | 强调应用型法律人才的培养，通过模拟法庭和法律实践活动提升学生的法律实务能力 |
| 马克思主义学院 | 注重思想政治教育，培养学生的政治理论素养和教育实践能力 |
| 教育科学学院 | 涵盖学前教育、小学教育、教育技术学等专业，拥有多个实验室和研究中心，致力于教育科学研究和师范教育 |
| 体育学院 | 培养体育教育和社会体育指导与管理人才，注重学生的体育技能和健康管理 |
| 文学院 | 强调新文科背景下的人才培养，注重学科融合和政产学研协同，提升学生的文学素养和实践能力 |
| 外国语学院 | 培养英语、翻译等专业人才，注重语言技能和跨文化交际能力的培养 |
| 新闻与传播学院 | 培养广播电视编导、新闻学等专业人才，注重传媒实践和新媒体技术的应用 |
| 历史文化旅游学院 | 培养历史学、旅游管理等专业人才，注重历史文化研究和旅游产业发展 |
| 数学与统计学院 | 培养数学与应用数学、统计学等专业人才，注重数学理论和应用研究 |
| 物理与电子电气工程学院 | 物理学为省重点学科，注重电子电气技术和仪器仪表类工程技术应用型人才的培养 |
| 化学化工学院 | 培养化学工程与工艺、应用化学等专业人才，注重化学实验教学和化工实践教育 |
| 地理科学与规划学院 | 培养地理科学、地理信息科学等专业人才，注重地理科学实验教学和区域规划研究 |
| 生命科学学院 | 培养生物科学、生物技术等专业人才，注重生物科学研究和现代农业技术应用 |
| 计算机科学与技术学院 | 培养计算机科学与技术、软件工程等专业人才，注重计算机应用和软件开发 |
| 公共管理学院 | 培养行政管理、人力资源管理等专业人才，注重公共管理理论和实践 |
| 音乐学院 | 培养音乐学、舞蹈编导等专业人才，注重音乐表演和音乐教育 |
| 美术学院 | 培养美术学、书法学等专业人才，注重美术创作和艺术设计 |
