截至2022年3月，南京大学有33个院系。
以下是部分院系的排名情况：
| 院系名称 | 排名情况 |
|---|---|
| 数学系 | 在2020年《数学与应用数学》研究生招生考试中排名第3 |
| 物理系 | 国内顶流，第四轮学科评估为A，在自然指数（物理）中位列第4名 |
| 化学系 | 在2021年软科中国大学专业排名中，化学类排名全国第三 |
| 生物系 | 在2024年生物科学专业排名中，排名第5 |
| 计算机系 | 在计算机科学与技术学科排名中，排在第11名 |
| 历史系 | 在第四轮中国史学科评估结果中，排名第4 |
| 文学系 | 在2023年校友会中国大学文学实力排名中，排名第3 |
| 外语系 | 在2024年校友会中国大学外国语言文学学科排名中，排名第3 |
| 法学院 | 在2024年软科中国大学专业排名中，法学专业排名第12 |
| 商学院 | 在2018年泰晤士高校商业与经济专业排名中，排名亚洲第19位，内地高校第6位 |
| 工程学系 | 未查询到具体排名信息 |
| 医学系 | 在2023年校友会中国大学医学实力排名中，排名第44 |
不同的排名体系可能会导致排名结果有所差异，以上排名信息仅供参考。
