扁鹊是中国医学史上举足轻重的人物，司马迁在《史记》中把他和仓公入传，相提并论，评价道："扁鹊言医，为方者宗，守数精明，后世循序，弗能易也，而仓公可谓近之矣。"肯定了扁鹊在医学上的宗师地位。
《史记》通过扁鹊"脉诊赵简子"、"问诊虢国太子"、"望齐侯之色"三则医例，塑造出一位医术精湛，医德高尚的大医形象，然而《史记·扁鹊列传》中的神话色彩浓厚，传中的扁鹊在以"上池之水"饮药后，竟拥有"视见垣一方人"的能力，又能"尽见五藏症结"，他的老师长桑君在传授他医术后，又忽然不见，可谓神乎其神，由此为人所诟病。宋代的叶适批评道："《扁鹊传》浮称滥引，不可根据，盖为医学者寓言以神其学......不考于实而信其妄，则迁过也。"
由于年代久远，又兼史料繁复，扁鹊给人的印象一直是被神话或虚化的神医，在诸多史料中，司马迁的《扁鹊传》记载最为详细，在他的笔下，扁鹊姓秦，名越人，年少时为客舍长，师从长桑君学习医术，曾在齐、赵、郑、周、秦等多国行医，为赵简子、虢太子和齐桓侯治过病，最后因为得罪秦武王，被太医李醯派人刺杀。
史记的记载虽详，却有许多疑点，例如扁鹊的名、字、号，活动年代和里籍等都扑朔迷离，被扁鹊治过病的赵简子、虢太子、齐桓侯和秦武王等人的生活时代相差好几百年，扁鹊的寿命不可能这么长，因此有史学家断定扁鹊不只是一个人，而是周秦时期良医的一种通称。
日本医师滕惟寅就说："扁鹊，上古之神医也。周秦间，凡称良医皆为之扁鹊，犹释氏呼良医为耆婆也，其人非一人也。司马迁摭采古书称扁鹊者集立之传耳；其《传》中载医验三条，文体各异，可以证焉。盖虽司马迁而不知扁鹊非一人也。"
关于扁鹊的活动事迹，《战国策》、《韩非子》、《淮南子》等诸多史籍均有记载，然而综合各史籍记载的扁鹊活动年代，时间跨度竟然长达三、四百年，可见扁鹊不是单指某个人，而是一个流派或古代名医的泛称。
《史记·扁鹊仓公列传》开头即提到："扁鹊者，勃海郡郑人也，姓秦氏，名越人。"又说："为医或在齐，或在赵。在赵者名扁鹊。"他在行医时又自称："臣齐渤海秦越人也。"可见，扁鹊这个名字是秦越人在赵国行医时，因为医术高明，别人送给他的外号。《扁鹊传》中提到秦越人"过邯郸"，"入咸阳"，可见秦越人是战国时的人，根据《战国策》中"扁鹊"秦越人的记载，可以推断他大概卒于秦武王时代，因此秦越人去世时应该有七十多岁，由此可见，扁鹊是古代神话传说中的人物，后世多把医术高明的良医称为"扁鹊"，而秦越人则是历史上真实存在的名医。
春秋以前，医疗技术基本掌握在国家设置的医官手中，到了战国时期，人们逐渐认识到发病的原因不是鬼神作祟引起的，而是有其客观原因，这也是医、巫分离的重要时期，《史记》中的"扁鹊"秦越人就提出了"六不治"：骄恣不论于理，一不治也；轻身重财，二不治也；衣食不能适，三不治也；阴阳并藏，气不定，四不治也；形羸不能服药，五不治也；信巫不信医，六不治也。他的医德和先进科学的医学理论由此可见。
扁鹊作为神话中的人物，有关他的传说历来不绝于史，隋唐的杨玄操认为在黄帝时期就有一位神医"扁鹊"，他的医术和黄帝不相上下，能够"彻视藏府，刳肠剔心"。因为秦越人的医术独冠天下，所以后世也把秦越人称为"扁鹊"。
在山东微山两城山、长清孝堂山出土的汉代石刻像中，扁鹊的形象就是"人首鹊身"，一手切脉，另一手在为病人针刺，此时鸟身人首的医者就是被神话了的扁鹊，战国、秦、汉时，神话传说中的扁鹊形象被人广泛传颂，这也是《史记·扁鹊列传》扁鹊被描写神乎其神，带有浓厚神话色彩的原因。
